在一些營養豐富的水體中，有些藍綠藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一層藍綠色而腥臭味的浮沫，稱為“水華”，大規模的藍綠藻爆發，會引起水質惡化，嚴重時會因為耗盡水中氧氣而造成魚類的大量死亡，造成不可估量的經濟損失。更為嚴重的是，藍綠藻中有些種類（如微囊藻）還會產生毒素，大約50%的藍綠藻爆發中含有大量毒素。這些毒素除直接對魚類、人畜產生毒害之外，也是肝癌的重要誘因。

從本質上來說，藍藻是原核生物，又叫藍綠藻藍細菌；大多數藍藻的細胞壁外面有膠質衣，因此又叫粘藻。在所有藻類生物中，藍藻是最簡單、最原始的一種。藍藻是單細胞生物，沒有細胞核，但細胞中央含有核物質，通常呈顆粒狀或網狀，染色質和色素均勻的分布在細胞質中。該核物質沒有核膜和核仁，但具有核的功能，故稱其為原核（或擬核）。在藍藻中還有一種環狀DNA——質粒，在基因工程中擔當了運載體的作用。和細菌一樣，藍藻屬于“原核生物”。

藍綠藻水質監測方法
富營養化是中國河流和湖泊水體普遍面臨的嚴重問題。測量水體中的藻類密度和濃度就成為環境監測的重要指標之一。但是由于藻類的形成不僅與水質因素密切相關，而且與氣象條件關系密切，因此，在監測藍綠藻時時，人們往往不能只單純的選擇一個或者有限的幾個指標進行監測，通常人們會對氣象和水質進行綜合的監測。
通常測量和監測藍綠藻的方法有兩種：計數法和熒光法，計數法雖為國標方法,但是因為費時和難以作到實時的數據,難以跟蹤水體變化，因此只適合于作實驗室里的測量方法；而熒光法因為能監測水體的實時數據，因此使得藍綠藻在線監測成為可能。